2011年6月6日，杰克逊被聘为金州勇士队主教练。 他是新老板乔·拉科布和Peter Guber雇用的第一位主教练，接手了过去17年只打过一次季后赛的球队，杰克逊承诺将勇士队打造出一支优秀的防守队伍和季后赛队伍。

缩水的2011-12年，是他第一个执教赛季，由于球队遭遇大规模伤兵，仅获得23-43的战绩。 然而，在2012-13赛季，杰里逊以斯蒂芬·库里和克莱·汤普森（Klay Thompson）的强势表现，带领勇士队以47-35的成绩在西部排名第六。这是2006-07赛季以来，勇士队再次进入季后赛。在第一轮NBA季后赛中，勇士队以4-2击败丹佛掘金队，第二轮面对第二种子圣安东尼奥马刺最终2-4落败，为勇士一个成功赛季。13-14赛季，勇士队跃进至51-31，自1993-94赛季以来获得50胜，迅速窜起成为西部劲旅，从这一季到2019年，没有一季低于50胜。之后他们连续五季达到了争冠的状态。但是在该年季后赛第一轮，血战7场输给快船而被淘汰。2014年5月6日，杰克逊辞任勇士主教练。 勇士球团表示，现在的阵容比杰克逊接任时更好，打造出防守体系，但是不认为他可以领导勇士赢得总冠军，需要更合适的人选。

5月7日勇士队做出大胆的决策，换掉领导球队重返季后赛的主教练杰克逊，结束了他的阶段性任务，杰克逊执教勇士队三季，累积常规赛战绩121胜109败。首季执教为“缩水球季”，之后连续两季带领勇士队打进季后赛，本季51胜31败的战绩更并列勇士队史单季第三好，也是队史自1991-92年球季之后的单季最佳战绩。

2014年5月6日杰克逊被金州勇士队解雇，由史蒂夫·科尔接手。